Fjöldi farþega Flugfélags Íslands var um 375.000 farþegar á árinu 2009 sem er samdráttur uppá um 11% frá fyrra ári. Fjöldi farþega í innanlandsflugi var um 350.000 og dróst saman um 12% en fjöldi farþega í millilandaflugi var um 25.000 sem er 12% aukning frá fyrra ári.
Eini áfangastaðurinn í innanlandsflugi þar sem farþegum fjölgaði var á leiðinni milli Reykjavíkur og Vestmannaeyja eða um 16% og flugu um 33 þúsund farþegar á þeirri flugleið með félaginu árið 2009, frá því að Flugfélag Íslands hóf aftur flug á þessari flugleið haustið 2006 hefur farþegum fjölgað um 50% sem er mjög góður árangur. Á leiðinni milli Reykjavíkur og Ísafjarðar fækkaði farþegum um 12% og voru um 43.000 á leiðinni milli Reykjavíkur og Akureyrar fækkaði farþegum um 13% og voru um 179.000 og á leiðinni milli Reykjavíkur og Egilsstaða fækkaði farþegum um 16% og voru um 95.000.